การศึกษาจีโนมชี้ให้เห็นว่า SARS-CoV-2 clade 20C ถูกนำเข้ามาในญี่ปุ่นจากสหรัฐอเมริกา


เนื่องจากการระบาดของโรคโคโรนาไวรัส 2019 (COVID-19) ซึ่งเกิดจากกลุ่มอาการของโรคทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรง coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ยังคงมีผลต่อชีวิตและกิจกรรมของมนุษย์การกลายพันธุ์และรูปแบบใหม่ได้เกิดขึ้นในประชากรที่แตกต่างกัน ภูมิภาค ในขณะที่นักวิทยาศาสตร์พยายามที่จะก้าวให้ทันกับสายพันธุ์ใหม่เหล่านี้มูลค่ามหาศาลของการจัดลำดับจีโนมของ RNA ของไวรัสและการแบ่งปันข้อมูลดังกล่าวในระดับสากลก็เริ่มชัดเจน

การพิมพ์ล่วงหน้าใหม่ที่ปรากฏบนไฟล์ medRxiv* เซิร์ฟเวอร์ preprint เพิ่งอธิบายถึงผลลัพธ์ของความพยายามในการจัดลำดับดังกล่าวในญี่ปุ่นว่าเป็นเครื่องมือสำคัญในการควบคุมการแพร่กระจายของการติดเชื้อ นักวิจัยใช้การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของตัวอย่างจากผู้ป่วย COVID-19 เพื่อระบุกลุ่มตัวอย่างใหม่ที่ดูเหมือนจะถูกนำเข้ามาแทนที่จะแพร่กระจายจากกรณีที่มีอยู่แล้วในชุมชน

การศึกษา: การระบุเชื้อสาย B.1.346 ของ SARS-CoV-2 ในญี่ปุ่น: หลักฐานทางจีโนมของการกลับเข้ามาของ Clade 20C  เครดิตรูปภาพ: Orpheus FX / Shutterstock

ความจำเป็นในการเฝ้าระวังจีโนมระดับโมเลกุล

การควบคุมการติดเชื้อเรียกร้องให้ผู้ป่วยที่เกิดขึ้นในช่วงเวลาสั้น ๆ เดียวกันในโรงพยาบาลมีความแตกต่างว่ามีต้นกำเนิดจากโรงพยาบาลหรือมาจากชุมชน หากเป็นอดีตจำเป็นต้องติดตามผู้ติดต่อของทั้งผู้ป่วยในและเจ้าหน้าที่ด้านการดูแลสุขภาพซึ่งไม่จำเป็นเสมอไปในการตั้งชุมชน

ประการที่สองทิศทางที่ไวรัสกำลังปรับตัวและเปลี่ยนแปลงในภูมิภาคหรือประเทศนั้น ๆ ยังส่งสัญญาณด้วยลำดับจีโนมทั้งหมดที่ได้รับจากผู้ป่วย COVID-19 ในโรงพยาบาลหลายแห่ง ชุดข้อมูลดังกล่าวเป็นระบบเฝ้าระวังระดับชาติที่ใช้ในสหราชอาณาจักรได้เปิดเผยว่าในช่วงที่มีการเคลื่อนไหวในระดับสูงในระดับประเทศและระดับนานาชาติเชื้อไวรัสกว่าพันสายพันธุ์แพร่กระจายอย่างเสรีทั่วทั้งประชากร

เมื่อเร็ว ๆ นี้ระบบนี้ได้ระบุความกังวล 2 รูปแบบ (VOC) อย่างรวดเร็วคือสายพันธุ์ของสหราชอาณาจักรและแอฟริกาใต้ – 501Y.V1 (B.1.1.7) และ 501Y.V2 (B.1.351) ตามลำดับ สิ่งเหล่านี้พบว่ามีการติดเชื้อและการแพร่เชื้อได้มากกว่าเนื่องจากการกลายพันธุ์ที่พบในแต่ละชนิด

สองเชื้อสายที่โดดเด่นในญี่ปุ่น

ในญี่ปุ่นห้องปฏิบัติการ 8 แห่งมีส่วนร่วมในการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของไวรัสโดยอัปโหลดลำดับใหม่ไปยังฐานข้อมูลสาธารณะ Global Initiative for Sharing All Influenza Data อย่างไรก็ตามวันที่รวบรวมหรือแหล่งกำเนิดในภูมิภาคของตัวอย่างจำนวนมากตามลำดับในญี่ปุ่นขาดหายไป

การศึกษาในปัจจุบันมุ่งเน้นไปที่การสรุปข้อมูลลำดับวงศ์ตระกูลจากโรงพยาบาล 13 แห่งในภูมิภาคคันโตของญี่ปุ่นรวม 198 ตัวอย่าง นักวิจัยแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์ส่วนใหญ่เป็นของสองเชื้อสายที่เกี่ยวข้องกันอย่างใกล้ชิด ได้แก่ B.1.1.284 และ B.1.1.214

เรื่องที่เกี่ยวข้อง

สิ่งนี้ตรงกันข้ามกับประเทศอื่น ๆ เช่นสหราชอาณาจักรที่อ้างถึงข้างต้นซึ่งมีเชื้อไวรัสมากกว่า 1,000 สายพันธุ์ จำนวนเชื้อสายที่ จำกัด มากดูเหมือนจะบ่งบอกถึงความสามารถของระบบกักกันที่เข้มงวดของญี่ปุ่นในการป้องกันเชื้อสายใหม่จากประเทศอื่น ๆ นักวิจัยแนะนำให้บังคับใช้ระบบนี้ต่อไปเนื่องจากสายพันธุ์ที่มีความรุนแรงและติดเชื้อมากได้เกิดขึ้นในสหราชอาณาจักรและแอฟริกาใต้

จาก 198 สายพันธุ์ 96% มาจาก clade 20B ซึ่งประกอบด้วย 52% จากสายเลือด B.1.1.284 และ 32% จัดเป็นสายเลือด B.1.1.214 เชื้อสายทั้งสองนี้มีความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์หกชนิดและพบว่ามีมากกว่า 4,000 และ 1,000 จากลำดับมากกว่า 9,900 จากญี่ปุ่นใน GISAID

เชื้อสายเหล่านี้เป็นเอกสิทธิ์เฉพาะของญี่ปุ่นโดยส่วนใหญ่มีเพียงแปดและสามตัวอย่างคือ B.1.1.284 และ B.1.214 ตามลำดับซึ่งได้รับการจัดลำดับจากส่วนอื่น ๆ ของโลก นอกจากนี้ยังพบเชื้อสายอื่น ๆ ของ clade 20B ในญี่ปุ่น

กรณีเดียวของการติดเชื้อ clade 20C

อย่างไรก็ตามน่าแปลกที่ผู้ป่วยรายเดียวที่ติดเชื้อโควิด -19 ในโรงพยาบาลพบว่ามีสายพันธุ์ที่อยู่ในสายเลือด B.1.346 ซึ่งเป็นของ clade 20C นักวิจัยพบ 159 ลำดับที่เป็นของเชื้อสายนี้ในฐานข้อมูล GISAID ซึ่งส่วนใหญ่มาจากทางตะวันตกของสหรัฐอเมริกา

ข้อมูลที่มีอยู่แสดงให้เห็นว่า clade 20C ถูกพบเห็นครั้งสุดท้ายในญี่ปุ่นในเดือนมีนาคมและพฤษภาคม 2020 ซึ่งจะเลือนหายไปหลังจากนั้นเว้นแต่ในบุคคลที่อยู่ภายใต้การกักกัน สิ่งนี้ดูเหมือนจะเป็นผลมาจากการนำเข้าเชื้อที่ไม่ถูกตรวจพบที่ชายแดนระหว่างสองประเทศโดยหลีกเลี่ยงอุปสรรคในการกักกันที่เข้มงวด

สายพันธุ์นี้มีการกลายพันธุ์ของนิวคลีโอไทด์ 18 ครั้งจากลำดับเดิมของ Wuhan SARS-CoV-2 อย่างไรก็ตามดูเหมือนว่าจะไม่เกี่ยวข้องกับความสามารถในการแพร่กระจายที่เปลี่ยนแปลงไปหรือความรุนแรงที่เพิ่มขึ้น

มีผลกระทบอย่างไร?

นักวิจัยสรุปว่าการเฝ้าระวังจีโนมเป็นสิ่งสำคัญในการตรวจจับการละเมิดในนโยบายการกักกัน เนื่องจากเชื้อสายที่หมุนเวียนในญี่ปุ่นมีจำนวนน้อยอย่างน่าประหลาดใจซึ่งแตกต่างจากประเทศอื่น ๆ ในโลกจึงอาจเป็นเรื่องง่ายที่จะรับสายพันธุ์ต่างประเทศใกล้จุดเริ่มต้น

ประการที่สองแม้ว่าการแนะนำดังกล่าวจะเกิดขึ้น แต่การระบุภูมิภาคหรือประเทศต้นทางของสายพันธุ์ที่นำเข้าควรทำได้ง่ายโดยการเปรียบเทียบลำดับจีโนมและการกลายพันธุ์

นักวิจัยยังชี้ให้เห็นถึงคุณค่าของความพยายามในการจัดลำดับแบบกระจายอำนาจด้วยการแบ่งปันข้อมูลระดับโมเลกุลร่วมกันนอกเหนือจากระบบเฝ้าระวังแห่งชาติเดียวซึ่งประกอบด้วยสถาบันโรคติดเชื้อแห่งชาติในโตเกียวและศูนย์สาธารณสุขและสถาบันสาธารณสุข

ข้อได้เปรียบของอดีตคือความคล่องตัวในการระบุและติดตามแนวโน้มใหม่ ๆ ทันทีที่สังเกตเห็นด้วยนโยบายระดับชาติที่เหมาะสมที่ตอบสนองต่อการละเมิดการกักกันหรือมีพื้นที่ที่ตรวจพบ VOCs เป็นต้น

* ประกาศสำคัญ

medRxiv เผยแพร่รายงานทางวิทยาศาสตร์เบื้องต้นที่ไม่ได้รับการตรวจสอบโดยเพื่อนดังนั้นจึงไม่ควรถือเป็นข้อสรุปชี้แนะแนวทางการปฏิบัติทางคลินิก / พฤติกรรมที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพหรือถือว่าเป็นข้อมูลที่กำหนดไว้

ที่มา: | ข่าวการแพทย์